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人乳頭瘤病毒感染的癥狀與該病毒感染人體的部位不同而有不同的臨床表現，其潛伏期長，于潛伏期時可無臨床表現。典型癥狀可能有皮膚疣狀物、接觸性出血等，可引起包括尖銳濕疣、宮頸癌等多種疾病。
1、低危型人乳頭瘤病毒感染：
（1）尋常疣：米粒大小的丘疹，表面角化明顯，粗糙不平。頂端刺狀，質地堅硬，皮損可單個，也可多個，可自身接種而逐漸增多，多發生在手、足等。
（2）特殊部位的疣：特殊部位表現疾病，如甲周疣，發生在指、趾甲周圍，表現為甲下增厚、角化。跖疣，發生在足跖部位，皮損表面因受壓可見出血點和黑點。扁平疣，多發生在面部，軀干部位也常見，多為2~5mm大小的扁平丘疹，膚色或淡褐色，表面光滑，圓形或類圓形，偶因瘙癢而搔抓形成自身癤腫，或沿皮膚損傷表面種植。口腔黏膜表面的疣狀損害，如復發性呼吸道乳頭瘤病等。
（3）生殖器疣(尖銳濕疣)：肉眼可見的典型皮損，形態上為乳頭瘤狀、菜花狀、顆粒狀、雞冠狀等。
2、高危型人乳頭瘤病毒感染：
（1）皮膚表現：有資料表明，皮膚的鮑溫病、基底細胞癌、帕哲病、鱗狀細胞癌等上皮腫瘤也與此類病毒感染有關，
（2）黏膜表現：宮頸或是食道等感染部位接觸性出血。
